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Zengtudor 2024-09-27 23:50:16 +08:00
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@ -6,17 +6,17 @@
namespace py = pybind11; namespace py = pybind11;
#endif #endif
static const std::unordered_map<char, char> complement = { //这里使用查表的方式大大提高CPU速度因为if分支CPU不容易命中缓存需要使用查表加速
{'A', 'T'}, {'a', 'T'},
{'T', 'A'}, {'t', 'A'},
{'C', 'G'}, {'c', 'G'},
{'G', 'C'}, {'g', 'C'}
};
//注意这个函数会被并行执行请只访问begin<=i<end之间的内容以免出现数据竞争导致程序异常 //注意这个函数会被并行执行请只访问begin<=i<end之间的内容以免出现数据竞争导致程序异常
void reverseComplement(char *begin, char *end) void reverseComplement(char *begin, char *end)
{ {
//注意end是开区间不能访问end //注意end是开区间不能访问end
static const std::unordered_map<char, char> complement = { //这里使用查表的方式大大提高CPU速度因为if分支CPU不容易命中缓存需要使用查表加速
{'A', 'T'}, {'a', 'T'},
{'T', 'A'}, {'t', 'A'},
{'C', 'G'}, {'c', 'G'},
{'G', 'C'}, {'g', 'C'}
};
std::reverse(begin, end); //翻转DNA序列 std::reverse(begin, end); //翻转DNA序列