77 lines
2.4 KiB
Markdown
77 lines
2.4 KiB
Markdown
# 注意！
|
||
|
||
> ***请详细阅读xmake.lua项目配置文件，可能涉及到性能优化和计算精度的问题***
|
||
>
|
||
> 最好不要使用mingw，使用mingw+clang(就是clang)或者msvc(visual studio)
|
||
>
|
||
> mingw的IO优化不行
|
||
|
||
# DNASequence
|
||
|
||
[提问者问题原文链接](https://www.zhihu.com/question/36143261/answer/3624848144)
|
||
|
||
## 代码逻辑介绍
|
||
|
||
DNASequence处理
|
||
|
||
DNA是双链的，互为互补链，对DNA样本进行测序时不能确认测出的是哪条链，所以就把所有DNA片段的互补链全算出来，和原文件放在一起组装。
|
||
|
||
> 输入格式：只是演示样例，不保证其生物上的准确性，默认最大dna序列长度支持5e4，可自行修改代码扩容
|
||
>
|
||
> 程序将会处理类似以下若干条dna序列
|
||
|
||
```
|
||
@SRR13280199.1 1 length=32
|
||
ACGTACACATTGCTGTCTGCTGAACCACCTAG
|
||
```
|
||
|
||
## 关于如何构建本项目
|
||
|
||
> 请确保安装了构建工具xmake，和任意C++构建工具并将路径添加到了PATH目录
|
||
|
||
[如何安装xmake?链接](https://gitee.com/tboox/xmake#%E5%AE%89%E8%A3%85)
|
||
|
||
```bash
|
||
#编译 -v 表示 verbose 输出详细编译信息具体说明去上面的xmake链接看看
|
||
xmake -v
|
||
# 运行
|
||
xmake r
|
||
|
||
# 生成 visual studio 文件夹，点进去打开sln文件即可使用visual studio编辑和调试，很方便
|
||
xmake project -k vsxmake
|
||
```
|
||
|
||
## 性能展示
|
||
|
||
> 什么环境下性能最好？
|
||
|
||
> 经过测试，在windows环境下，前端使用mingw，后端使用llvm，也就是clang的时候性能最好
|
||
>
|
||
> 可以酌情开启xmake.lua中的avx512加速
|
||
|
||
> perf
|
||
|
||
```
|
||
Samples: 31K of event 'task-clock:ppp', Event count (approx.): 7866750000
|
||
Overhead Command Shared Object Symbol
|
||
90.39% test [unknown] [k] 0xffffffffa84435e1
|
||
5.48% test test [.] reverseComplement(std::array<char, 50005ul>&, unsigned long)
|
||
1.58% test [unknown] [k] 0xffffffffc06abd30
|
||
0.59% test [unknown] [k] 0xffffffffa83ab787
|
||
0.51% test [unknown] [k] 0xffffffffa842aee0
|
||
```
|
||
|
||
> 800MB fastq DNA 序列处理性能展示
|
||
|
||
```
|
||
[Timer: All spent] Start timing
|
||
Open input file stream to value [input_file_stream] ok , from ["filteredReads.txt"]
|
||
Open output file stream to value [output_file_stream] ok , from ["reversedSequence.txt"]
|
||
Undergoing transformation
|
||
[Timer: All spent] Stop timing , using 5960ms
|
||
```
|
||
|
||
## 关于版权
|
||
|
||
本项目算法版权归提问者所有，可不遵循开源协议，其它人使用请遵循开源协议，或者欢迎咨询我
|